Η αφετηρία του αρχιτεκτονικού σχεδιασμού του νέου μουσείου και βιωματικού καταστήματος βασίζεται στην ισορροπημένη επίτευξη της οικονομικής βιωσιμότητας, της περιβαλλοντικής απόδοσης και της κοινωνικής υπευθυνότητας. Ο αρχιτεκτονικός σχεδιασμός έχει ως στόχο την ανάδειξη και προώθηση του πολιτισμού και της ιστορίας της Κρήτης γύρω από τα φυσικά καλλυντικά, τα αιθέρια έλαια και τα βότανα, ενσωματώνοντας την τοπική χειρωνακτική παράδοση και σύγχρονες βιομηχανικές κατασκευαστικές μεθόδους. Έτσι, ως υλικά της πρώτης κατηγορίας επιλέχθηκαν η φυσική ακατέργαστη τοπική πέτρα και το ξύλο από φυσικό καπλαμά δρυός για την επίπλωση, ενώ ως υλικά της δεύτερης η λαμαρίνα για τις διπλές περιστρεφόμενες πόρτες της εισόδου, τις προθήκες του μουσείου, το στέγαστρο και την οροφή του καταστήματος, καθώς και το plexiglass για την κατασκευή των επιφανειών έκθεσης του μουσείου. Η τοποθέτηση του καταστήματος στο κέντρο της κάτοψης αφενός επιτρέπει την άμεση πρόσβαση από την είσοδο, ώστε να μην επιβαρύνεται η λειτουργία του μουσείου, αφετέρου την άμεση οπτική συσχέτιση με την περιμετρική μουσειολογική κίνηση.